การดำเนินงานของโรงเรียนเป็นไปตามภารกิจที่กำหนดในมาตรา 34 (2) วรรคสาม และวรรคสี่ขอพระราชบัญญัติระเบียบราชการกระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ. 2546 กฎกระทรวงฯ ว่าด้วยการกำหนดหลักเกณฑ์การ แบ่งส่วนราชการภายในสถานศึกษาที่จัดการศึกษาขั้นพื้นฐาน พ.ศ.2547
    โดยมีคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานของโรงเรียนมีส่วนร่วมให้ความเห็นชอบและสนับสนุนการศึกษาของโรงเรียนดังโครงสร้างการแบ่งส่วนราชการของ โรงเรียนวัดน้อยนพคุณ ดังนี้